Сюжет «Red Faction: Armageddon» разворачивается на Марсе через полсотни лет после окончания событий «Red Faction: Guerrilla», третьей игры серии. Терраформер, который регулировал климат на планете, поддерживая атмосферу, был уничтожен, что привело к дестабилизации климата до такой степени, что сделало невозможным пребывания людей на поверхности планеты. Колонисты создали разветвлённую сеть подземных сооружений, куда и переселились с поверхности планеты. Протагонистом игры является Дариус Мейсон (англ. Darius Mason), внук Алека Мейсона и Саманьи. Дариус работает в Бастионе, подземном центре колонистов. Он занимается всякой опасной для жизни работой, включая рейды по обезображенной и разрушенной поверхности планеты. Случайным образом он открывает шахту в старом храме Мародёров, что приводит к пробуждению давно спящих сил зла. Над марсианскими колонистами нависла смертельная угроза, и Дариусу вместе с Красной бригадой предстоит её уничтожить. Известно, что новая игра геймплейно будет представлять гибрид между «песочницей» Red Faction: Guerrilla и линейными уровнями первых двух игр серии